FlexS

説明

FlexS は、配位子の 1 つと他の配位子の配座と方向を予測します。 FlexS では、参照リガンドは剛体であると想定されているため、結合状態と同様のコンフォメーションで指定する必要があります。 FlexS の重ね合わせアルゴリズムでは、手動による介入はほとんど必要ありません。単一のステップを手動で実行することにより、この知識を FlexS の計算に統合できます。したがって、FlexS は、リガンド ペアのインタラクティブな作業とリガンド ベースの仮想スクリーニング用に設計されています。 FlexS の 2 つの主なアプリケーションは、リガンド スーパー ポジショニング (CoMFA/QSAR など) と仮想スクリーニングです。タンパク質とそれに結合する小分子 (参照リガンドと呼ばれる) があるが、タンパク質の構造がない場合、参照構造を活性部位のネガティブ フィンガープリントとして取得できます。 FlexS は、テスト構造と参照構造を並べることで、それらの類似性を判断します。仮想スクリーニングでは、参照リガンドと一連の化合物があり、実験的テストのために化合物に優先順位を付けることに関心があります。