QuasiRecomb

説明

QuasiRecomb は、コマンド コンソールで実行される軽量のアプリケーションで、バイラル準種を生成するためのマルコフ モデルをシミュレートします。ウイルス準種の生成と、次世代シーケンス データを分析することによってそのパラメーターを推測する方法について説明します。モデルはシミュレートされたデータで検証され、組換えプロセスを明示的に考慮に入れることの利点を示し、実験的な HIV サンプルから得られた読み取りに適用することによってテストされます。モデル パラメーターの最大事後推定値を見つける EM アルゴリズムの実装と、準種のウイルス株の分布を推定する方法を提供します。