Malign

説明

MALIGN に実装されている複数のアライメント手順は、最小長のクラドグラムを検索するために使用される手順とほぼ同じです。 Hennig86、NONA、PAUP などのプログラムに詳しい人には、ロジックとプログラム コマンドは明らかです。アラインメント トポロジは、さまざまなシーケンスを介して構築され、ブランチ スワッピングによって改善されます。各アラインメント トポロジは、複数のアラインメントを生成し、クラドグラムはそのアラインメントから構築されます。次に、最も倹約的なクラドグラムのコストが、多重アライメント コストとして割り当てられます。