RAPTOR

説明

RAPTORは、正確なタンパク質構造予測のために設計された革新的なソフトウェアです。高度な分析ツールを1つの統合ソフトウェアソリューションに組み合わせ、3つの異なるスレッド化方法を提供します。 RAPTOR独自の整数計画最適化アプローチは、配列相同性の低いターゲットの構造テンプレートを見つけるのに最も効果的であり、高品質のモデルを生成できます。使いやすいインターフェースとわかりやすいE値は、初心者や専門家にとって理想的です。とりわけ、出力の直感的な表示により、ユーザーは一目で結果を理解することができます。標的タンパク質配列が与えられた場合、既知の3D構造を持つ相同タンパク質がある場合は、同じくRAPTORで提供されているPSI-BLASTなどの配列検索ツールを使用して見つけることができます。次に、ターゲットの構造が既知の構造から構築されます。ただし、配列相同性が重要でない場合、つまり25％未満の場合、PSI-BLASTは自信を持ってヒットすることができません。単に配列検索を行うPSI-BLASTとは異なり、タンパク質スレッディング、フォールド認識は、相同性と構造情報の両方を利用します。既知の構造のデータベースに対して、未知の構造を持つタンパク質配列をスキャンします。スコアリング関数を使用し、3次元構造と線形タンパク質配列間の互換性分析を実行することにより、配列の構造を構築するための最適な構造テンプレートが特定されます。その結果、わずかな配列相同性がある場合、タンパク質スレッディングは相同性モデリングよりも優れた予測を提供します。