ZOOM Lite

説明

ZOOM Liteは、次世代のシーケンスデータマッピングおよび視覚化ソフトウェアです。ユーザーがリファレンスゲノムを入力し、イルミナ/ソレクサのショートリードファイルまたはAB SOLiD色空間が* .fasta、*。fastq、* _ seq.txt、*。csfastaなどのさまざまな形式でファイルを読み取ります。ZOOMはこれらのショートのマッピング結果を出力します参照配列を読み取ります。 ZOOM Liteには、新しく設計された複数間隔のシード理論に基づいた、高速で正確なマッピングカーネルがあります。 15bpから240bpまでのさまざまな長さのシングルエンド読み取りとペアエンド読み取りの両方を処理できます。読み取りと参照配列上のその標的領域との間の任意の数の不一致および様々な長さの1回の挿入/削除が許可される。最小の不一致とインデルの長さに従って、一意にマッピングされた結果または各読み取りの最良（上位N）の結果が報告されます。品質スコアは、マッピングの精度を高めるために利用されます。マッピングカーネルに基づいて、ZOOM Liteを使用すると、ユーザーはローカルの読み取りデータと参照シーケンスデータをロードし、適切なパラメーターを選択し、最大4つのCPU間で大量のデータを並行して処理し、実行中のタスクを監視し、マッピング結果を保存し、のグラフを表示できます。マッピング結果と出力マッピング結果は、*。BEDまたは* .GFFファイル形式で、UCSCブラウザーのトラック情報を使用してさらに調査します。マッピング結果は、染色体全体にわたる読み取り深度グラフから、読み取りと参照配列の間の詳細な配列アラインメントまで、任意のスケールで表示できます。ユーザーは、クリックアンドドラッグまたはスクロールするだけで、関心領域に簡単に移動できます。 ZOOM Liteは、ZOOMStudioソフトウェアの派生物です。